Bz-rC Fosforamidiet

Bz-rC Fosforamidiet is een fundamenteel monomeer voor de chemische synthese van RNA-oligonucleotiden. De N4-benzoyl-beschermende groep op de cytosinebasis voorkomt vertakkingen en ketenbeëindiging tijdens de fosforamidietkoppelingscyclus, terwijl de 2′-O-TBDMS-groep de 2′-hydroxyl beschermt tijdens de gehele ketenassemblage en wordt verwijderd na synthese met behulp van op fluoride gebaseerde reagentia zoals triethylaminetrihydrofluoride (TEA·3HF). Bz-rC Fosforamidiet is compatibel met standaard RNA-syntheseprotocollen op geautomatiseerde DNA/RNA-synthesizers (bijv. Applied Biosystems, MerMade, Dr. Oligo), waarbij doorgaans 0,25 M activatoroplossingen (5-ethylthio-1H-tetrazol, 4,5-dicyanoimidazol) en koppelingstijden van 5–10 minuten worden gebruikt. Bz-rC Fosforamidiet is uitgebreid gevalideerd in de synthese van RNA voor structurele studies, antisense-oligonucleotiden, siRNA en aptameren. Bz-rC Fosforamidiet wordt ook gebruikt als referentiestandaard bij het profileren van oligonucleotide-onzuiverheden, omdat de benzoylgroep aanleiding kan geven tot karakteristieke bijproducten (bijvoorbeeld N4-benzoyl-depyrimidinatieproducten) die tijdens de procesontwikkeling moeten worden gemonitord.

Productparameters

Kwaliteitsborging bij Cosperpharm

Elke batch ondergaat:

● Gaschromatografie (GC) – zuiverheid ≥97,0%

● Niet-waterige titratie – zuiverheid ≥97,0%

● Brekingsindex – bevestigende analyse

● ¹H NMR – structurele verificatie

● Uiterlijk – kleurloze tot lichtgele tot lichtoranje heldere vloeistof

Elke zending wordt vergezeld van een uitgebreid COA, MSDS (met volledige GHS-informatie) en een certificaat van oorsprong.

Veelgestelde vragen

Vraag 1: Wat is het verschil tussen Bz-rC-fosforamidiet en Ac-rC-fosforamidiet?

A: Bz-rC Fosforamidiet gebruikt een benzoyl (Bz) beschermende groep op het N4 exocyclische amine van cytosine, terwijl Ac-rC een acetyl (Ac) groep gebruikt. De benzoylgroep biedt betere bescherming tegen depyrimidinatie onder de zure omstandigheden van DMT-verwijdering (3% trichloorazijnzuur in dichloormethaan). Voor de meeste RNA-synthesetoepassingen heeft de benzoylgroep de voorkeur voor lange of deoxycytidinerijke sequenties.

Vraag 2: Wat is de aanbevolen koppelingstijd voor Bz-rC-fosforamidiet op een standaardsynthesizer?

A: Onder standaard RNA-syntheseomstandigheden met 0,25 M activator (bijv. 5-ethylthio-1H-tetrazool of 4,5-dicyanoimidazool) is een koppelingstijd van 5-10 minuten typisch voor Bz-rC-fosforamidiet. Voor langere oligonucleotiden (>40-meer) of synthese met hoge doorvoer kan het optimaliseren van de activatorconcentratie en koppelingstijd de opbrengsten verbeteren.

Producttoepassingsscenario's

1.RNA-oligonucleotidesynthese

Bz-rC Fosforamidiet is de standaardbouwsteen voor het introduceren van cytidineresiduen in synthetische RNA-oligonucleotiden voor onderzoek, diagnostiek en therapeutische ontwikkeling.

2.siRNA-productie

Wordt gebruikt om 2′-OH-cytidine in siRNA-duplexen op te nemen. De TBDMS-groep wordt na synthese verwijderd, wat volledig natief RNA oplevert voor RNAi-studies.

3. Antisense oligonucleotide (ASO) synthese

ASO's die zich richten op RNA-transcripten vereisen RNA-segmenten (bijvoorbeeld in gapmer-ontwerpen). Bz-rC Fosforamidiet levert de noodzakelijke cytidineresiduen met volledige nucleaseresistentie wanneer het wordt achtergelaten als 2′-OH of gemodificeerd.

4.RNA-aptameergeneratie

Aptameerbibliotheken en individuele aptameerkandidaten worden chemisch gesynthetiseerd met behulp van Bz-rC-fosforamidiet om sequentiegetrouwheid en schaalbaarheid te garanderen.

5. Structurele biologie RNA-voorbereiding

Voor röntgenkristallografie en NMR-onderzoek moeten goed gedefinieerde RNA-sequenties met hoge zuiverheid worden gesynthetiseerd. Bz-rC Fosforamidiet levert de vereiste koppelingsefficiëntie en zuiverheid bij het verwijderen van de bescherming.

6. Referentienorm voor onzuiverheidsprofilering

Als potentiële procesonzuiverheid in oligonucleotide-medicijnsubstanties (bijvoorbeeld resterend N4-benzoyl-cytidine, onvolledige ontschermingsproducten), dienen Bz-rC-fosforamidiet of de ontschermde derivaten ervan als referentiestandaarden in HPLC- en LC-MS-methoden.

Neem contact met ons op

Klaar om Bz-rC Fosforamidiet te bestellen voor uw volgende RNA-syntheseproject? Het team van Cosperpharm staat klaar om uw zuiverheidseisen, documentatiebehoeften en leveringstermijnen te bespreken.